Ang ninja, ang bayani ng larong Ninja Rescue, ay inagaw ang kanyang kasintahan. Ginawa ito ng isang pulutong ng mga itim na ninja na nakikibahagi sa mga madidilim na gawain. Ang bayani ay nagnanais na parusahan ang mga kidnapper at ang kanyang pangunahing sandata ay magiging sorpresa. Tutulungan mo siyang mabilis na lumipat sa mga platform, itumba ang mga kaaway sa Ninja Rescue.