Sa Son Goku Vs Naruto, kakailanganin mong makilahok sa mga laban sa pagitan ng asul na koponan at pulang koponan. Ang pagkakaroon ng napiling panig ng paghaharap, makikita mo ang iyong sarili sa iyong koponan sa panimulang lugar. Gamit ang mga control key, gagawin mong ilipat ang iyong bayani sa paligid ng lokasyon. Sa sandaling mapansin mo ang kaaway, kakailanganin mong mahuli siya sa saklaw at magbukas ng apoy upang pumatay. Sa pamamagitan ng tumpak na pagbaril ay sisirain mo ang iyong mga kalaban at para dito ay bibigyan ka ng mga puntos sa larong Son Goku Vs Naruto.