Sa larong Pen Boy Runner kakailanganin mong tulungan ang lapis na maglakad sa isang tiyak na ruta at hanapin ang kanyang mga kapatid. Ang iyong bayani ay makikita sa harap mo, na dumudulas sa kalsada na unti-unting tumataas ng bilis. Ang ruta kung saan dapat ilipat ang lapis ay ipinahiwatig ng isang tuldok na linya. Gagamitin mo ang mga control key upang ilipat ang lapis kasama nito. Sa paraan, kailangan niyang mangolekta ng iba't ibang mga kapaki-pakinabang na item na nakakalat sa paligid.