Ang bayani ng larong Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreak ay may malubhang mga kaaway at ito ay isang buong organisasyon na may sariling hukbo. Gayunpaman, ang ninja ay hindi sanay na umatras; tinanggap niya ang hamon, at tutulungan mo siyang harapin ang lahat ng mga kaaway. Layunin at babarilin niya si Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreak.