Sa larong Blob Merge 3D, magsasagawa ka ng mga eksperimento at gagawa ng mga bagong uri ng patak. Sa harap mo sa screen, makikita mo ang isang playing field sa itaas na bahagi kung saan lilitaw ang mga patak ng iba't ibang kulay. Maaari kang lumipat mula sa buong field sa kanan o kaliwa upang ihulog ang mga patak na ito sa ibabang bahagi ng playing field. Kailangan mong pindutin ang mga patak ng parehong kulay sa bawat isa. Sa ganitong paraan maaari mong pilitin na kumonekta ang mga patak na ito. Para sa pagtanggap ng bagong item, bibigyan ka ng mga puntos sa Blob Merge 3D na laro.