Kahit na ang penguin ay hindi isang lumilipad na ibon, sa larong Flappy Penguin kailangan niyang magsikap sa kanyang sarili at gamitin ang kanyang mga pakpak na hindi maganda ang pagkakabuo. Upang malampasan ang balakid, kailangan mong gawin ang hindi hihigit sa bilang ng mga pag-click sa ibon, na inilaan sa antas.